Новая угроза для Константинополя появилась на восточных границах. Турки-сельджуки, народ из Центральной Азии, впервые появились на восточных границах империи в середине XI века. Турки-османы (названные по имени своего первого султана Османа, который правил в 1289-1326 гг.) вытеснили сельджуков. Османы-мусульмане стали быстро расширять свои владения и к середине XV в. Византийская империя была окружена ими со всех сторон.
29 мая 1453 г. Константинополь был захвачен турецкими войсками. Греция превратилась в поле битвы между турками и венецианцами. В результате, за исключением Ионических островов (где венецианцы удержали позиции), Греция стала частью Османской империи.
Османское могущество достигло вершины при султане Сулеймане Великолепном, который находился у власти с 1520 по 1566 г. Его преемник Селим Пьяница в 1570 г. присоединил к империи Кипр, но с его смертью в 1574-м закончилась масштабная территориальная экспансия османцев. Хотя они и захватили Крит в 1669 г. в результате 25-летней военной кампании, неэффективное правление султанов в XVI и XVII вв. привело к постепенному закату империи.
За три года военных действий (1685-1687 гг.) венецианцы вытеснили турок с Пелопоннеса и дошли до Афин. Во время этой кампании армия венецианцев подожгла пороховые склады, размещенные в Акрополе, разгоревшийся пожар нанес серьезный ущерб Парфенону.
Турки отвоевали у Венеции греческие земли в 1715 г., но так и не смогли вернуть себе былую мощь. К концу XVIII в империи усилилась власть местных чиновников и правителей, султан в Константинополе теперь обладал лишь формальной властью. Представители греческого населения тоже усиливали свое влияние, получали привилегии, занимали важные должности — среди них были влиятельные священнослужители, состоятельные купцы, землевладельцы и чиновники, которые владели крестьянами в греческих провинциях. В то же время греки, получившие европейское образование, все больше стали задумываться об освобождении родины от турецкого ига.
Россия начала кампанию по освобождению братьев-христиан и направила в Грецию своих агентов, чтобы те подготовили восстание — сначала на Пелопоннесе в 1770 г., а затем в Эпире в 1786 г. Оба выступлении были жестоко подавлены, последнее — Али-пашой (1741-1822 гг.), османским правителем Янины (который копил силы, чтобы свергнуть султана).