Распад страны после Старого Царства губительно сказался на состоянии ирригационной системы, требовавшей централизованного надзора и управления. Дошедшие до нас надписи этого времени (период 6 – 12 династий) постоянно говорят о голоде. В конце правления 11 династии Египет был вновь объединен, и при 12 династии положение существенно улучшилось, но затем опять последовал смутный период, вновь вызвавший упадок оросительного хозяйства. Эпоха относительного благополучия, установившегося в правление 11 и 12 династий (середина 22 – начало 18 вв. до н. э.), получила в истории Египта название Среднего Царства.
С этого времени наряду с зерном и одеждой при обмене товаров стали использовать в качестве платы также золото и медь. В период 12 династии укреплению экономики и усилению царской власти немало способствовали победоносные войны с Эфиопией (Куш), золотые рудники которой давно привлекали египтян.
Общий подъем сказался и на развитии науки. От Среднего Царства до нас дошли несколько математических папирусов (Московский, Ринд и др.), лечебные пособия и справочник-словник, содержащий более 300 наименований различных масел, растений, животных, зерна, частей тела и т.д. Благодаря оживлению и усложнению хозяйственной жизни в египетской письменности выработался новый тип скорописи (деловое иератическое письмо), отличной от староегипетских почерков и иероглифического письма.
В области государственной религии также произошли изменения: на смену солнечному культу Ра, господствовавшему со времен Старого Царства, пришел культ Амона, который был отождествлен с древним государственным богом Ра под именем Амон-Ра. Заупокойные ритуалы, имевшие у египтян огромное значение и составлявшие одну из важнейших черт древнеегипетской культуры, стали доступны не только вельможам, но и людям среднего достатка: необходимые культовые тексты и изображения перестали высекать на стенах гробниц и начали писать на стенках саркофагов.
Эпоха Среднего Царства закончилась с обрывом 12 династии. Вновь наступившее смутное время не привело к такому распаду страны, какой последовал за Старым Царством, но на рубеже 18 – 17 вв. до н. э. неожиданный удар по ослабленному государству нанесли гиксосы — воинственные племена кочевников-скотоводов, пришедшие, по-видимому, из Палестины. Их владычество в Египте длилось не менее 108 лет, и до самых поздних времен египтяне сохраняли память об этом нашествии как о катастрофе.
Гиксосские цари приняли титулы фараонов, но не смогли объединить под своей властью весь Египет. На исходе гиксосского владычества в Фивах появились собственные цари, которых считают основателями 17 династии. Борьбу с гиксосами начал последний фараон этой династии Камос, но заслуга их окончательного изгнания принадлежала его преемнику Яхмосу I — первому царю 18 династии (1580 – 1314 до н. э.). С момента освобождения Египта ведется отсчет третьего периода его расцвета — эпохи Нового Царства.